در جشن شب سال‌نو ۱۹۵۸، خواهر کوچولوی (Little Sister) داستان ما شاد و خندان با آن چشم‌های درشت و درخشانش، سرنگ بلند قرمز رنگ خود را در دست گرفته بود و در خیابان‌های رپچر مشغول کار همیشگی خود، یعنی جمع‌آوردی آدام (Adam) از اجساد بود و خطری را در اطراف خود احساس نمی‌کرد تا این‌که سروکله چند مرد با ماسک خرگوش پیدا شد. محافظ با ابهت او، قهرمان این داستان، همچون تمامی بیگ ددی‌ها (Big Daddy) متوجه حضور خطر و دردسر شد و با صدای خشنش غرید تا هشدار داده باشد. اما مردان که سر و وضع عجیبی داشتند دخترک را دزدیدند و بیگ ددی تمام مسیر را دنبال آن‌ها دوید تا این‌که آن‌ها را طبقه پایین، زیر بالکن گوشه‌ای متروکه یافت. پس از بالای بالکن به پایین پرید و بر روی یکی از آن مردها فرود آمد و تکه‌های بدن وی به اطراف پرتاب شد. بیگ‌ددی، محافظ دخترک شروع به جنگیدن کرد و خواست با دریل فلزی محکمی که به دستش متصل است مرد را بکشد اما وی پیش‌دستی کرد و شی‌ای گرد را به سمت بیگ‌ددی پرتاب کرد. آن شی قابلیت هیپنوتیزم داشت و حالا قهرمان داستان کنترلی بر روی اعمالش نداشت. در این لحظه بود که زنی به نام سوفیا لمب (Sofia Lamb) که در گذشته نقش روان‌پزشک شهر رپچر را بر عهده داشت با قدم‌هایی آرام به صحنه نبرد پا گذاشت و دخترک را به خود نزدیک کرد. سوفیا که از هیپنوتیزم شدن بیگ‌ددی اطلاع داشت به او دستور داد تا زانو بزند، کلاهخود فلزی و سنگینش را از سر بردارد، کلتی که در دستان سوفیا قرار دارد را از دستش بگیرد و بر روی شقیقه‌اش بگذارد و … ماشه را بکشد.

بیگ‌ددی که چاره‌ای جز اطاعت نداشت ماشه را کشید و کشته شد و جسدش بر روی زمین افتاد و همه به او پشت کردند و رفتند و بدن متلاشی شده‌اش را به حال خود رها کردند؛ اما این پایان کار نبود! به دلایلی که در آن زمان نامشخص است بیگ‌ددی به زندگی باز می‌گردد و محیط اطراف خود را از آن‌چه که به‌یاد داشت متروکه‌تر پیدا می‌کند. پس از گشت ‌‌وگذار در محیط اطراف وی سرنگ پلازمید پیدا می‌کند و آن را به خود تزریق می‌کند و قدرت استفاده از الکتریسیته پیدا می‌کند و با دست چپش می‌تواند برق شلیک کند. با کمک این نیروی جدید درِ خرابی که از ادامه مسیر بازمی‌داشت‌اش را به حرکت درمی‌آورد. در ادامه راه با انسان‌های عجیبی روبه‌رو می‌شود که با ظاهرهای مختلف به او حمله می‌کنند. بیگ‌ددی آن‌ها را از پادرمی‌آورد و سپس خواهر کوچولو دیگری سروکله‌اش پیدا می‌شود و می‌گوید که اِلِنور (Eleanor)، همان خواهر کوچولو‌ی که وی در گذشته از او مراقبت می‌کرد، دلش برای وی تنگ شده و به کمک او احتیاج دارد و باید او را پیدا کنی. در حین صحبت دخترک، موجودی همچون بیگ‌ددی پوشیده در لباس غواصی فلزی اما با اندامی باریک‌تر ناگهان سروکله‌اش پیدا می‌شود و دخترک را برمی‌دارد و در چشم به هم زدنی با سرعت می‌دود و فرار می‌کند. قهرمان داستان در تلاش برای پیدا کردن دخترک دزدیده شده به راه می‌افتد. در ادامه مسیر و در حین جست‌وجو زنی به نام بریجید تِنِنبام (Brigid Tenenbaum) از طریق ارتباط رادیویی با بیگ‌ددی صحبت می‌کند و می‌گوید او را می‌شناسد و درخواست کمک می‌کند تا قطار شهری را دوباره احیا کرده و تننبام را پیدا کند.

در ادامه مسیر پس از چندین و چند بار درگیری با موجودی که دخترک را دزدیده بود و بیگ سیستر (Big Sister) نام دارد موفق می‌شویم دخترک را نجات دهیم؛ البته با سختی فراوان چون بیگ‌سیستر حتی شیشه‌های یکی از تالارهای بزرگ شهر را می‌شکند و آب با فشار فراوان کل تالار را در برمی‌گیرد. در همین حین، پس از درگیری ما با بیگ‌سیستر تننبام از طریق دوربین‌های مداربسته و سرصدای بسیار زیادی که ایجاد کرده‌ایم متوجه زنده شدن ما می‌شود و توسط چند صفحه نمایشگر درون شهر پیام‌های صوتی تهدید‌آمیز زیادی برای ما ارسال می‌کند‌، علاوه بر این‌که نفرات زیادی از طرف وی از راه می‌رسند تا کار بیگ‌ددی را یک‌سره کنند. بیگ‌ددی پس از مبارزه و ادامه مسیرش با جعبه کادوی زیبایی مواجه می‌شود که سرنگ پلازمید درون آن است. او پس از تزریق و به دست آوردن قدرت جدید پیامی ذهنی از دخترکی که در گذشته مراقبش بود یعنی اِلِنور دریافت می‌کند که می‌گوید منتظرش است و به کمکش احتیاج دارد تا پیدایش کند. کمی بعدتر بیگ‌ددی تننبام را پیدا می‌کند و او توضیح می‌دهد که تمام بیگ‌ددی‌های رپچر تبدیل به برده‌های سوفیا لمب شده‌اند و کنترلی بر اعمالشان ندارند. وی همچنین توضیح می‌دهد چون او نمونه اولیه است و اسمش را دلتا گذاشته‌اند (Delta) پیوستگی نامرئی بین دخترک و دلتا وجود دارد و او بدون دخترک نمی‌تواند از شهر خارج شود وگرنه می‌میرد. پس چاره‌ای جز مبارزه با لمب و کشتنش ندارد تا دخترک را نجات دهد. تننبام می‌گوید کارهای مهم دیگری دارد تا به آن‌ها رسیدگی کند و شبکه رادیویی دلتا را با شخصی به نام سینکلیر (sinclair) هماهنگ می‌کند تا وی در ادامه مسیر و کشتن لمب به ما کمک کند.

سینکلیر به دلتا می‌گوید تا سوار بر قطار شهری شود و مسیر را پیش بگیرد اما کمی جلوتر ادامه مسیر توسط یخ عظیمی غیر ممکن شده است‌. دلتا به سراغ دستگاه فروش پلازمید می‌رود تا قدرت آتش را به دست آورد و یخ را آب کند اما متاسفانه آدام کافی برای این‌کار را ندارد پس به سراغ یکی از بیگ‌ددی‌ها می‌رود و او را می‌کشد تا دخترک او را به‌دست بیاورد. پس از این‌کار به دنبال دخترک راه می‌افتد تا از اجساد درون شهر آدام مورد نیازش را تامین کند. هنگامی که دخترک با شادی سرنگ قرمز رنگ را در بدن جسد فرو می‌کند و آدام استخراج می‌کند دشمنان زیادی سرازیر می‌شوند تا آدام را تصاحب کنند اما دلتا همه را می‌کشد و در نهایت پس از به دست آوردن آدام کافی دخترک را به به محل محافظت شده برمی‌گرداند و خودش هم پس از خرید قدرت آتش، یخ را آب می‌کند و مسیر را آزاد می‌کند. در ادامه سینکلر همراه شما می‌شود و سوار قطار می‌شود اما ادامه مسیر برای بار دوم غیر ممکن می‌شود چون دروازه بسته می‌شود و موجودات غول پیکر زیادی به شما حمله می‌کنند. دلتا پس از کشتن دشمنان به سراغ زنی به نام گِرِیس (grace) می‌رود که در جناح سوفیا لمب است چون کلید ادامه راه در دستان اوست. پس از پیدا کردن وی و برداشتن کلید از اتاق او دو انتخاب پیش روی دلتا قرار می‌گیرد؛ این‌که گِرِیس را بکشد یا وی را ببخشد. پس از باز کردن مسیر و ادامه راه آن‌ها به بخشی از شهر می‌رسند که توسط آب بسیار زیادی غرق شده است. دلتا با توجه به لباس مخصوصش مشکلی از این بابت ندارد اما سینکلیر نمی‌تواند عبور کند. پس دلتا پس از عبور از این منطقه و کشتن تمامی دشمنان با به کار انداختن دستگاه مخصوص آب منطقه قبل را تخلیه می‌کند اما پس از گذشتن از چند مسیر دشمنان سعی می‌کنند تا دوباره با باز کردن لوله‌های آب و زیر آب بردن کل محیط دلتا را غرق کنند اما لباس مخصوص او از این حادثه جلوگیری می‌کند. برای ادامه مسیر دلتا نیاز به کلید بعدی دارد تا مسیر را باز کند و این کلید در اختیار شخصی است به نام استنلی (Stanley). وی درون اتاق شیشه‌ای قفل شده‌ایست و به ما اجازه ورود نمی‌دهد. او می‌گوید منطقه وی را از وجود بیگ‌ددی‌ها پاک کنیم. پس از این کار و مصرف زیاد آدامی که دلتا به‌دست می‌آورد گذشته‌اش را به یاد می‌آورد. این‌که برای جوش‌کاری زیر آب سر از این شهر درمی‌آورد اما اَندرو رایان (Andrew Ryan) که شخصی بسیار شکاک است به وی اعتماد نمی‌کند و به جرم جاسوس بودن، وی را روانه زندان می‌کند. بعدها برای ساخت بیگ‌ددی‌ها از زندانیان به عنوان نمونه‌های آزمایشی استفاده کردند و بدین‌سان قهرمان داستان ما تبدیل به یکی از نمونه‌های اولیه بیگ‌ددی می‌شود. زمانی که دلتا به جایگاه استنلی برمی‌گردد تننبام از طریق بلندگو می‌گوید استنلی یک جنایت‌کار است و با هک کردن در اتاق استنلی را بازمی‌کند تا دلتا وی را بکشد. در این‌جا دلتا می‌تواند انتخاب کند وی را به قتل برساند یا خیر. پس از به‌دست آوردن کلید ادامه راه، دلتا با گذر از چندین خطر و سیل دشمنان و باز کردن مسیرهای مسدود بسیار بالاخره خود را به دخترک می‌رساند. اما از ماجرای کشته شدن دلتا ده سال گذشته است و او حالا بزرگ شده است و پشت شیشه بر روی تخت دراز کشیده است و سوفیا لمب کنار او بر روی صندلی نشسته است و سیگار می‌کشد. در این لحظه دو بیگ‌سیستر از راه می‌رسند. دلتا پس از مبارزه و شکست دادن آن‌ها سعی می‌کند وارد اتاق قرنطینه شیشه‌ای اِلِنور شود اما تننبام توضیح می‌دهد که شما دونفر با طنابی نامرئی به هم متصل هستید. پس از گفتن این جمله بالشت را از زیر سر النور برمی‌دارد و سعی می‌کند دختر راه خفه کند.

درد کشیدن و خفگی دختر به دلتا منتقل می‌شود و او بی‌هوش بر روی زمین می‌افتد. از این لحظه به بعد ادامه بازی توسط یکی از خواهر کوچولوها روایت می‌شود. دختر‌ک به سراغ دلتا می‌رود و با تزریق پلازمید وی را احیا می‌کند. سپس با گشت‌وگذار در محیط لباس و تجهیزات یکی ازبیگ‌سیسترها را پیدا می‌کند و برای اِلِنور می‌برد. النور حالا تبدیل به بیگ سیستر می‌شود و به همراه دلتا پس از بمبگذاری منطقه می‌خواهند از این مکان فرار کنند. اما متاسفانه در این مدت زمان سوفیا لمب از فرصت استفاده کرده بود و سینکلیر را به بیگ‌ددی تبدیل کرده است و اعمالش را با هیپنوتیزم کنترل می‌کند. پس از مبارزه و کشتن سینکلیر النور و دلتا نمی‌توانند به موقع فرار کنند و امواج انفجار به آن‌ها هم آسیب می‌رساند. دلتا به سختی خود را به قایق مخصوصی که می‌خواستند با آن فرار کنند می‌رساند و سوفیا لمب را می‌بیند که زیر آب بدون ماسک اکسیژن در حال خفه شدن و جان دادن است؛ اما در آخرین لحظات النور با ماسک اکسیژن از راه می‌رسد و او را نجات می‌دهد. اما حالا دلتا تحمل این همه مصیبت را ندارد و به خاطر خفگی که قبل‌تر دچارش شد و اثرات انفجار در حال مرگ است. قایق به روی سطح آب می‌رسد و النور دلتا را بر روی سطح می‌آورد و با سرنگ مخصوص ژن‌های دلتا را استخراج می‌کند و به خود تزریق می‌کند تا ناخودآگاه دلتا، که به نوعی پدر وی محسوب می‌شود را همیشه به همراه داشته باشد. البته این پایان خوب بازی است به شرط آن‌که در طی بازی ما افرادی که سر راهمان قرار می‌گیرند همچون گِرِیس را نکشیم. و اگر هم بکشیم با پایانی با جنبه‌های تاریک روبه‌رو می‌شویم. پایانی که درون آن اِلِنور ماسک اکسیژن را به سوفیا لمب نمی‌دهد تا وی بمیرد و آدام‌های دلتا را استخراج می‌کند تا قوی‌تر شود و در نهایت وی به موجودی انقام‌جو و وحشی تبدیل می‌شود.